17 жовтня НСНУ офіційно пішов у опозицію і закликав своїх міністрів подати у відставку. Лідер парламентської фракції «Наша Україна» Роман Безсмертний, виступаючи у Верховній Раді, піддав різкій критиці політику Віктора Януковича: «В останні два місяці ми стали свідками того, як відбувається злам зовнішнього курсу України, який був підтриманий українським народом на виборах президента Віктора Ющенка ... Руйнуються процеси інтеграції в СОТ, фактично зупинені програми співробітництва України і Євросоюзу ... Зазнає корінної ломки вступ України до євроатлантичної спільноти ... У таких умовах "Наша Україна" вийшла з переговорного процесу, ми в опозиції, і наші міністри покидають уряд ».

18 жовтня Віктор Ющенко провів екстрену нараду з міністрами, призначеними за квотами президента та фракції «Наша Україна». Згідно з досягнутими домовленостями, міністр оборони Анатолій Гриценко і міністр закордонних справ Борис Тарасюк залишаються працювати в уряді Віктора Януковича.

21 жовтня пройшов перший етап III з'їзду партії, на якому виступив один лише Віктор Ющенко, що піддав керівництво партії жорсткій критиці за те, що після президентських виборів вона не змогла виробити «чітку, просту і ясну ідею своєї діяльності»: «Єдиною ідеєю, яку керівництво партії повторювало як заклинання, була фраза: "Ми - партія президента". Я це знаю і поважаю, але хочу сказати, що цього мало ... Якщо взяти останні три квартали, то серйозно постраждав авторитет партії і її популярність ... Я не хочу, щоб партія перетворилася в якесь закрите акціонерне товариство, де головні акціонери монопольно можуть вирішувати , що потрібно партії, а насправді переслідують власні інтереси або близькі до власних ». Віктор Ющенко заявив, що «партійне будівництво адміністративним чином - зверху вниз» призвело до того, що партійні організації в багатьох областях існують тільки на папері, а сама НСНУ фактично став придатком владних структур.

Ющенко піддав критиці перехід партії в опозицію: «Моя позиція - це політична консолідація з різними силами, в тому числі Партією регіонів, Соцпартією, парламентськими й позапарламентськими силами ... Бути чи не бути в опозиції, буде залежати від того, наскільки тема консолідації буде прийнята нашими партнерами і союзниками ».

Закінчуючи виступ, Віктор Ющенко запропонував провести з'їзд у два етапи - у першій частині створити робочі групи з формування нових керівних органів і внесення змін до статутних документів партії, а в другій - розглянути і схвалити підготовлені пропозиції.

Після виступу президента Роман Безсмертний оголосив про тритижневому перерві в роботі з'їзду.

11 листопада пройшов другий етап III з'їзду партії. На ньому, зокрема, було підтримано рішення керівництва партії про перехід в опозицію. 7 грудня політрада партії обрав головою НСНУ Віктора Балогу.

19 грудня голова виконкому Народного союзу «Наша Україна» Роман Безсмертний заявив, що складає з себе повноваження керівника парламентської фракції «Наша Україна», який він займав з 25 травня 2006. Це рішення було прийнято під тиском з боку Віктора Балоги.

31 березня 2007 пройшов IV з'їзд партії. На ньому новим главою партії був обраний В'ячеслав Кириленко.

У вересні 2010 року новим головою «Нашої України» був обраний колишній глава української спецслужби Валентин Наливайченко. Ющенко залишився її почесним головою.